Noir - история о двух девушках, связанных друг с другом загадочным образом, но первоначально даже не подозревающих об этом. Mireille Bouquet одна из самых высококвалифицированных киллеров Европы, в основном проживает во Франции. Однажды, она получает электронное письмо от молоденькой девушки по имени Yuumura Kirika, в котором написано "Соверши со мной паломничество в прошлое." Первый раз Mireille не придаёт этому значение, но когда с электронной почтой зазвучала мелодия, так сильно знакомая ей из прошлого, она едет к этой девочке в Японию, что бы встретиться с ней и выяснить это загадочное совпадение. Оказывается, что у Kirika полная потеря памяти. Она просит Mireille помочь её найти собственное прошлое и разобраться, кто она. Mireille берётся за это только из-за того, что в руках у девочки она обнаруживает старинные ручные часы, играющие ту самую мелодию, постоянно-вызывающую вихрь тяжелых воспоминаний из её непростого детства. Отсюда и начинаются приключения двух героинь, объединяющихся в смертоносную команду наёмных убийц, под названием Noir. Они путешествуют по Европе, из одного города в другой, выполняя задания, получаемые Mireille. Устраняя "плохих дядек", они шаг за шагом, приближаются к разгадке прошлого Kiriki...