Unsubscribe from irrelevant news
To unsubscribe from another user's news, click the settings icon in this post and select the necessary option.
Все
Guestbook
More
Жк Баулин
added a photo
photo-add-collage.html
Жк Баулин
added a photo
photo-add-collage.html
Оказывается, РНК способна "слепить" GNRA-тетрапетлю практически из чего угодно. Например, из пентапетель с выпяченными основаниями, которые взаимодействуют с белками (на картинке).
Больше в препринте: ...
#РНК #Структура #3Д #GNRA #Тетрапетля #Мотив #Наука #Белок #Взаимодействие
Больше в препринте: ...
#РНК #Структура #3Д #GNRA #Тетрапетля #Мотив #Наука #Белок #Взаимодействие
Жк Баулин
added a photo
photo-add-collage.html
Встречайте: ClaPNAC - классификатор РНК- и ДНК-белковых взаимодействий.
ClaPNAC определяет разнообразные типы контактов вида нуклеотид-аминокислота в пространственных структурах нуклеопротеиновых комплексов.
Подробнее в препринте: ...
#Биоинформатика #Белок #РНК #ДНК #Структура #Контакт #Взаимодействие #3Д
ClaPNAC определяет разнообразные типы контактов вида нуклеотид-аминокислота в пространственных структурах нуклеопротеиновых комплексов.
Подробнее в препринте: ...
#Биоинформатика #Белок #РНК #ДНК #Структура #Контакт #Взаимодействие #3Д
Жк Баулин
added a photo
photo-add-collage.html
Тороплюсь поделиться - встречайте SQUARNA 2.0 с заметно улучшенными показателями в предсказании вторичной структуры РНК по одиночным последовательностям (single-sequence)!
github.com/febos/SQUARNA
Обновлённый препринт скоро будет :)
#SQUARNA #РНК #2Д #Структура #Предсказание #Биоинформатика #Наука #Псевдоузел
github.com/febos/SQUARNA
Обновлённый препринт скоро будет :)
#SQUARNA #РНК #2Д #Структура #Предсказание #Биоинформатика #Наука #Псевдоузел
Жк Баулин
added a photo
photo-add-collage.html
Координирующая петля (coordination loop) в интронах группы II образует необычный кинк-поворот (kink-turn), содержащий дальнодействующее спаривание оснований (A251-U326).
Больше странных мотивов типа кинк-поворот в нашем препринте:
...
#РНК #ARTEM #Кинкповорот #Мотив #Биоинформатика #Наука #Исследования #СтруктурнаяБиология #Структура #Интрон
Больше странных мотивов типа кинк-поворот в нашем препринте:
...
#РНК #ARTEM #Кинкповорот #Мотив #Биоинформатика #Наука #Исследования #СтруктурнаяБиология #Структура #Интрон
Жк Баулин
added a photo
photo-add-collage.html
ARTEMIS, наша выравнивалка трёхмерных структур нуклеиновых кислот, теперь снабжен подробным туториалом, который покрывает процесс поиска похожих структур, суб-оптимальные суперпозиции, и даже преобразование PDB/CIF форматов. Ссылка:
...
#РНК #ДНК #структура #3Д #3D #выравнивание #суперпозиция #биоинформатика #структурнаябиология #наука #исследования #PDB #туториал
...
#РНК #ДНК #структура #3Д #3D #выравнивание #суперпозиция #биоинформатика #структурнаябиология #наука #исследования #PDB #туториал
Жк Баулин
added a photo
photo-add-collage.html
Рад поделиться - наш инструмент DesiRNA опубликован в Nucleic Acids Research!
...
DesiRNA решает задачу обратного фолдинга (РНК дизайн) и является первой программой, которой удалось решить все 100 задач из набора Eterna100 в течение 24 часов!
#РНК #Дизайн #Исследования #Наука #Биоинформатика #Структура
...
DesiRNA решает задачу обратного фолдинга (РНК дизайн) и является первой программой, которой удалось решить все 100 задач из набора Eterna100 в течение 24 часов!
#РНК #Дизайн #Исследования #Наука #Биоинформатика #Структура
Жк Баулин
added a photo
photo-add-collage.html
Наш инструмент ARTEM для поиска 3D мотивов в структурах РНК не зависит от аннотации парных взаимодействий. Так, ARTEM смог обнаружить Д-петля/Т-петля-подобный (D-loop/T-loop-like) мотив с двумя невзаимодействующими пиримидинами (U206/U233, справа) вместо характерного дальнодействующего спаривания оснований (слева).
Узнайте больше:
...
#Биоинформатика #РНК #Исследования #Наука #ARTEM #мотив #Структура #3Д #ДпетляТпетля #Спаривание
Узнайте больше:
...
#Биоинформатика #РНК #Исследования #Наука #ARTEM #мотив #Структура #3Д #ДпетляТпетля #Спаривание
Жк Баулин
added a photo
photo-add-collage.html
Вот такие множественные "скобочные" (staple) взаимодействия были обнаружены в структурах РНК и описаны в нашей недавней статье в NAR. По своей природе, такие "скобки" не могут быть разложены на множество планарных парных взаимодействий, поэтому они оставались "невидимыми" для существующих инструментов аннотации пространственных структур РНК.
Узнайте больше:
...
#РНК #исследования #наука #биоинформатика #структура #мотив #скобка #взаимодействие
Узнайте больше:
...
#РНК #исследования #наука #биоинформатика #структура #мотив #скобка #взаимодействие
Жк Баулин
added a photo
photo-add-collage.html
В структуре некодирующей РНК raiA, которую мы недавно определили с помощью Cryo-EM, мы обнаружили однонитевой участок (B), очень похожий одновременно и на GAAA-тетрапетлю (A) и на взаимодействие Т-петля/D-петля (C).
РНК продолжает удивлять!
Узнайте больше:
...
#РНК #Наука #Исследования #Структура #СтруктурнаяБиология #CryoEM #Петля #Тетрапетля #raiA #GAAA
РНК продолжает удивлять!
Узнайте больше:
...
#РНК #Наука #Исследования #Структура #СтруктурнаяБиология #CryoEM #Петля #Тетрапетля #raiA #GAAA
Жк Баулин
added a photo
photo-add-collage.html
Теперь вот настолько легко предсказывать вторичную структуру РНК с помощью Python библиотеки SQUARNA:
pip install SQUARNA
import SQUARNA
SQUARNA.Predict(inputseq="CCCGNRAGGG")
Демо:
...
BioRxiv:
...
#РНК #Структура #Наука #Биоинформатика #Исследования #Предсказание #2Д #pip #python
pip install SQUARNA
import SQUARNA
SQUARNA.Predict(inputseq="
Демо:
...
BioRxiv:
...
#РНК #Структура #Наука #Биоинформатика #Исследования #Предсказание #2Д #pip #python
Жк Баулин
added a photo
photo-add-collage.html
На картинке два структурных модуля РНК: дальнодействующее взаимодействие спираль-спираль и 4x-нитевая мульти-петля. Можете найти отличия?🧐
Узнайте кто есть кто в нашем свежем препринте о методе поиска третичных мотивов нуклеиновых кислот и их изостеричности:
...
#РНК #ДНК #3Д #Наука #Структура #СтруктурнаяБиология #Биоинформатика #Изостеричность #Мотив #ARTEM #Петля #Спираль #Модуль
Узнайте кто есть кто в нашем свежем препринте о методе поиска третичных мотивов нуклеиновых кислот и их изостеричности:
...
#РНК #ДНК #3Д #Наука #Структура #СтруктурнаяБиология #Биоинформатика #Изостеричность #Мотив #ARTEM #Петля #Спираль #Модуль
Жк Баулин
added a photo
photo-add-collage.html
Рад поделиться - ARTEMIS опубликован в NAR!
...
ARTEMIS - наш новый инструмент для выравнивания пространственных структур РНК или ДНК. Наши результаты показывают, что ARTEMIS превосходит существующие программы как в задаче стандартного выравнивания, так и в задаче топологически-независимого выравнивания, в которой допускаются перестановки в последовательности.
С помощью ARTEMIS мы обнаружили интересное структурное сходство между лизиновым рибопереключателем и рибопереключателем класса M-box (см. картинку), а также описали мотив упаковки спиралей через взаимодействия между малыми бороздками. ARTE more…
...
ARTEMIS - наш новый инструмент для выравнивания пространственных структур РНК или ДНК. Наши результаты показывают, что ARTEMIS превосходит существующие программы как в задаче стандартного выравнивания, так и в задаче топологически-независимог
С помощью ARTEMIS мы обнаружили интересное структурное сходство между лизиновым рибопереключателем и рибопереключателем класса M-box (см. картинку), а также описали мотив упаковки спиралей через взаимодействия между малыми бороздками. ARTE more…
Жк Баулин
added a photo
photo-add-collage.html
ARTEM - новый инструмент для поиска третичных мотивов РНК, допускающий перестановки сахарофосфатного остова!
ARTEM определяет третичные мотивы РНК, используя только свойство изостеричности. Мы применили его для поиска мотивов, подобных мотиву типа кинк-поворот (kink-turn), и обнаружили новые топологические варианты кинк-поворотов, а также множество подобных мотивов, в которых характерный изгиб отсутствует в принципе. Также, мы нашли регион рибосомной РНК, который в разных видах может образовывать как кинк-поворот с изгибом, так и без него (см. картинку). Более того, мы впервые обнаружили кинк more…
ARTEM определяет третичные мотивы РНК, используя только свойство изостеричности. Мы применили его для поиска мотивов, подобных мотиву типа кинк-поворот (kink-turn), и обнаружили новые топологические варианты кинк-поворотов, а также множество подобных мотивов, в которых характерный изгиб отсутствует в принципе. Также, мы нашли регион рибосомной РНК, который в разных видах может образовывать как кинк-поворот с изгибом, так и без него (см. картинку). Более того, мы впервые обнаружили кинк more…
Жк Баулин
subscribed to 9 groups
25 August 2024 at 22:52
community-join.html
Uploading
Error loading page. Retry in 15 seconds.
Error loading page. Retry in 5 seconds.
Error loading page. Retry in 5 seconds.