В данном ролике вы можете посмотреть, как происходит процесс покраски аниме-персонажей в граф.редакторе PaintTool SAI.Моменты, на которые нужно особо обратить внимание
http://www.youtube.com/watch?v=2kGLPA8yeCw  ссылка на Ютуб. там качество повыше

1. Для рисования не нужно овер много слоев. Достаточно 3(иногда вообще все рисуется на 1): 
-слой эскиза
-слой покраски
-слой фона

2. Не бойтесь заходить за края эскиза, все равно вы лишнее можете спокойно стереть-инструмент ластик никто не отменял.

3. Палитра огромная- не зацикливайтесь, используйте больший набор вариаций цветов. Экспериментируйте с оттенками.

4. Не используйте блюр и воду для растирания теней. Только инструмент кисть.

5. Не ждите, что графические редакторы с огромным набором кистей дадут вам желаемый результат. Опробуйте кисти и найдите самый подходящий для вас инструмент.