У меня стоит XP, но со вторым пакетом SP2. Нечто подобное случалось и вылечивалось банальной тотальной проверкой и чисткой хорошим антивирусом. В моем случае это был лицензионный Антивирус Касерского 2010, который при проверке уже на 2-ой минуте просто прихлопнул несколько залетных троянов. После перезагрузки все снова встало на свои места.
В вашем случае могу предположить, что стоит Nod32 или что-то бесплатное. Для этого барахла вообще характерно в упор не видеть самые распространенные и хищные вирусы, к тому же они не брезгуют и систематическими ложными срабатываниями. Вы бы лучше сразу указали каким антивирусником "гоняли нечисть"..)
Вообще подобные фокусы и неадекватная реакция на все манипуляции с файлами есть первый и самый верный признак проявления засевшего где-то внутри виря. Одним восстановлением диска здесь проблему не решишь.Поэтому мой вам совет - ставить лицензионный КИС 2010, качать актуальные базы и запускать проверку по новой и, в случае отсутствия изменений, просто набрать телефон их службы поддержки и загрузить уже их своей проблемой, благо спецы у них там работают грамотные. Удачи!