+
Я предполагаю, что фирма Canon либо вообще не знает русской программы FineReader, либо ей на эту программу наплевать. Тем более, если (рискну предположить) вы эту программу не покупали, а скачали ломаную версию — разве не так?
Если задача только в том, чтобы заставить программу автоматически определять санер и запускать его, то надо искать решение в настройках программы или установить другую её версию, в которой есть эти автоматические настройки....

+
Добавлю также, что лично я никогда не пользуюсь подобной автоматикой — сначала сканирую в файл, который сохраняю в папке с осмысленным именем, а уж затем этот файл печатаю или что-то другое с ним делаю...

Это связано с жизненной позицией. Я думаю, что экономия времени не в том, чтобы быстренько что-то сделать и забыть, а в том, чтобы сделать капитально и сохарнить свою работу, а затем иметь возможность пользоваться её результатом столько раз, сколько потребуется!