Так как Яндекс Диск это облачное хранение, такое же как и Облако мэйла, то на жёстком диске компьютера загруженное в Облако с серверов не хранится.

Фактически храниться, но неявно для пользователя, и все это временно, пока программа не закачает их в интернет.
Кроме того, если там ценные для вас файлы, то бекапить их тоже надо.
И есть еще аспект: если файлы, которые вы туда будете закачивать, нарушают чьи-то авторские права, то чисто теоретически ваш акк могут забанить со всеми вытекающими. Про практически я ничего не говорю.

"Решил скачиваемые с торрента фильмы и пр. сразу записывать на яндекс диске а затем скачивать на флешку"
================
Уже это вызывает вопросы. Зачем такие танцы с бубном? Не проще выделить место на РС и сливать туда торренты? Сначала таскаете по облакам, потом на флешку... Или как там у вас: сначала к себе, потом на облако, потом на флеш. Господи, сколько возни. К вопросу о сетевом диске: это папка, в которой по большей части ссылки, если вы не дали команду на загрузку. У меня на МЕГА такой же сетевик. Ничего не занимает, пока не залью на РС в папку.