Такое иногда бывает, что программа спрашивает пользователя о чем-то (например, удалять ли полученные файлы или нет, к примеру), но окно находится "позади" имеющихся окон на экране. И пока пользователь не ответит, основное окно так и висит и ждет. Возможно у вас как раз так и было.
Возможно у вас как раз так и было.