СЕЗОН 1

Новую ученицу школы Ксавьера для одаренной молодежи начинают мучить странные видения, повествующие о ближущемся конце. По ошибке в особняке открывается портал между двумя мирами - Землей и Аламисом, часть команды затягивает внутрь, остальная вынуждена спасаться. С трудом вытащив команду из параллельного мира, мутанты обнаруживают новую напасть в виде паразитов, попавших в наш мир из Аламиса, что был их военной базой, и поселившихся в телах некоторых мутантов, для контроля над ними. Разгадка их рвения на Землю проста - их нация была случайно уничтожена людьми во время осуществления проекта "Иларис" в недалеком будущем, и теперь эти существа вернулись в прошлое, дабы убить своих палачей, людей, и выжить. Икс-команде приходится приложить все усилия, вплоть до объединения с Братством, чтобы остановить одновременно и паразитирующую нацию кноссов, наступающих на Землю, и не дать построить "Иларис", из-за которого они и появились в нашем мире.

СЕЗОН 2

Последствия вторжения медленно сходят на нет, но разве в нашем мире можно спокойно пожить? Не успели восстановиться после одной напасти, как тут же пришла вторая - в мире начинают происходить странные вещи, исчезают люди так, что мощнейшие телепаты не могут их найти, то и дело исчезают с карт самые красивые места планеты, а на человечество обрушивается эпидемия ранее неведомой болезни, поражающей определенную область, определенную расу и определенную возрастную группу людей.