на www.easyelectronics.ru зайди там найдёшь ответ

A4940 Automotive Full Bridge MOSFET Driver
http://www.allegromicro.com...

"Спаял макет на AVR. Включил - мотор крутится со скоростью, которую я регулирую переменником поставленным на вход АЦП. Скважность меняется, силовой транзистор работает в ключевом режиме и вроде все гладко."
Т.е. вы не делали Н-образный каскад из четырех силовых транзисторов???
Я когда то делал диплом в институте, моя тема была как раз разработка ШИМ электропривода для лабораторного стенда. Дык у меня сам ШИМ в виде программы на 386 машине крутился, а силовая часть управлялась через LPT-порт и ничего нигде не горело ...
Движек был ватт на 300 с независимым возбуждением. Обмотка возбуждения питалась постоянным напряжением от отдельного выпрямителя, обмотка якоря включалась в мост из 4 силовых транзисторов, которые в свою очередь управлялись через 4 ключа на маломощных транзисторах, уже которые в свою очередь управлялись сигналами LPT-порта с компьютера.
А что бы ваша управляющая часть системы не сгорала всякий раз когда что то происходит в силовой части системы - существует такая вещь как оптическая развязка управления на оптронных парах.

Долгое и упорное насилование драйверов показало, что в верхних ключах на зарядной емкости падает потенциал при скважности более 60% и из-за этого движок теряет мощность. Зарядная емкость верхнего ключа потом накапливает заряд и через некоторое (100 - 300 мсек) опять отпирает верхний ключ. Выход возможен двумя путями:
1) вводить дополнительные пустые циклы замыкания на землю зарядной емкости для ее заряда
2) делать новый

Контроллер желательно гальванически отвязывать от силовой части. Экономия чревата. Тем более двигатель похоже сетевой, если возбуждение независимое.