всё же лучше отказаться от IE9 )) причину почему так происходит вы принципе нашли, так как часть данных сайта расположена на других адресах, IE считает такой сайт не безопасным и загружает только то содержимое, которое находится внутри сайта... а внешние адреса блокируются и выдаётся запрос... почему же при закрытии, вкладки начинают размножаться.. вот это уже вопрос ))) видимо просто обычное глючное поведение IE ... к тому же 9ая версия новая и ещё что называется сырая... может быть в свойствах обозревателя попробовать понизить уровень безопасности? или сбросить все настройки на стандартные ))
так же, может быть просто все внешние файлы скопировать в директорию, где находятся файлы сайта, тогда они не будут внешними и не должно быть никаких запросов и блокировки при загрузке сайта и этих файлов...

ещё есть подозрения на многооткрывающиеся вкладки... существуют так называемые "плохие скрипты" по англ. badScripts , эти скрипты не наносят прямого вреда компьютеру и не являются вирусами, но часто используются как шутки или с целью например подвесить браузер... есть подобный скрипт на javascript -е , при его запуске или подключения к сайту начинают открываться бесконечно вкладки этого сайта ) может быть вы использовали какие-то сторонние готовые скрипты и один из них оказался подобной "шуткой" ?))) в принципе такое возможно )))
а может быть вы можете дать ссылку на ваш сайт для ознакомления?