Во-первых, что за величина - скорость времени? Есть время, есть скорость. Это разные величины. они связаны между собой, но все же это разные категории. Во-вторых, на скорость работы часов материя пространства может влиять, может не влиять в зависимости от того, что представляет из себя эта материя. Но значение имеет не скорость работы часов, а установка времени или принцип установки, то есть - что для этого используют. Я могу подводить стрелки своих часов ориентируясь, например, на солнечные часы. В третьих, Эйнштейн вовсе не отрицал материальность пространства. Физическая пустота вещь вполне материальная. В четвертых, плотность вещества в разных точках пространства не однородна - это верно. Но значение имеет скорость движения материи вещества, а не скорость течения времени (как вы выразились). Я надеюсь, что вы со мной согласитесь?

почему в атоме скорость может быть большей?