Операционная система здесь, конечно, ни при чём!
Вообще-то, низкоуровневое форматирование — это операция нанесения так называемых СЕРВОМЕТОК, которая производится только в фабричных условиях и на специальном оборудовании.

Иногда (неправильно) низкоуровневым форматированием называют операцию, при которой специальная программа заставляет отработать каждый сектор винчестера, записываяв него и стирая случайное число или просто 0 (ноль).
При этом действительно могут восстановиться сектора, которые были помечены, как некоторый род BAD-блоков (как правило, так называемые "софттовые" Bad-блоки).
Опять же, это некорректное название, т.к. BAD-ами принято называть НЕЧИТАЕМЫЕ СЕКТОРА, не подлежащие восстановлению.

Есть специализированные программы для обслуживания HDD (например, MHDD или Victoria), а можно также использовать программы для уничтожения информации, например, Active KillDisk (они делают в данном случае то же самое и зачастую в несколько проходов).

Все подобные программы запускаются в DOS с автостартующего диска типа LiveCD.
Подробнее об этом со ссылками на загрузку читайте здесь:
http://my.mail.ru/community...

Рекомендую предварительно сохранить информацию и для данной операции временно отключить физически (т.е. отключив кабель) другие винчестеры от материнской платы (это делать не обязательно, если вы уверены, что запустив программу, не ошибётесь с выбором винчестера для обработки). А тот винчестер, с которым вы собираетесь работать, должен обязательно быть подключен, как MASTER (если он имеет интерфейс PATA), т.к. программы, как правило, не работают с устройствами SLAVE. Впрочем, у вас, скорее всего, вичестер SATA, так что предыдущее предупреждение — на всякий случай.

Загрузитесь с LiveCD (как настроить загрузку, описано здесь http://my.mail.ru/community... ), выберите в стартовом меню HirensBootCD и раздел HDD (Работа с жёсткими дисками). Затем программу MHDD.

Как выглядит меню, можно посмотреть на примере работы с программой PartitionMagic , которую запускают с такого же диска http://my.mail.ru/community...
Там же описано, как загрузить досовские драйвера, которые необходимы для работы с жестким диском (и есть на этом LiveCD)

В программе MHDD сначала надо выбрать ваш винчестер в списке по указанному номеру.
Затем можно посмотреть информацию о нём по команде SHIFT+F2
Затем можно посмотреть состояние магнитной поверхности по команде F4.
Появляется дополнительно меню с настройками, в котором не стоит ничего менять — просто запустите сканирование по команде CTRL+ENTER

Справа изображена "легенда" — какой цвет чему соответствует.
Если все сектора серые (разных оттенков), то состояние поверхности хорошее.
Допускаются и цветные, до красного (не включительно).
Красные с различными значками — это и есть разные виды BAD-блоков.

Не обязательно проводить весь тест.
Посмотрите начало диска и затем с помощью стрелок на клавиатуре переместитесь к его концу.
Чаще всего повреждённые сектора находятся в конце диска, т.е. ближе к краям пластин.
Если во время перемещения появятся зелёные сектора, не обращайте внимание — это результат самого перемещения головок (программа не успевает обработать некоторые сектора).
Если в начале и в конце диска нет красных секторов, то всё в порядке.

Затем остановите сканирование по ESC и дайте команду ERASE
(надо ввести с клавиатуры и нажать ENTER)
Это и есть то самое "низкоуровневое"...

Желаю успехов!