Плохая идея. Формат общения на "Ответах" отличается от чата или форума. Переписка между "почемучкой" и "ответчиком" ограничена одним постом от каждого.

Я понимаю, что значительная часть вопросов заданы халтурно, необдуманно, и требуют от отвечающих быть телепатами, чтобы угадать, что же именно хотел сказать автор вопроса. С другой стороны, в технологических вопросах спрашивающий должен быть хоть немного "в теме", чтобы сообщить отвечающим хотя бы часть необходимой информации, чтобы не выкладывать наивную чушь вроде: "Мой комп тормозит. Какая программа виновата?" В этом смысле я бы посоветовал все "чайникам" идти на форумы с подобными вопросами. Посоветовал, если получил бы "трибуну". Ну пока имеем то, что имеем.

Далее по Вашим пунктам.
1) Возможность запрещать комментарии – право спрашивающего. Это право обусловлено тем, что комментарии позиционируются как второстепенная возможность. Они были добавлены в функционал как возможность обсудить уже состоявшийся ответ, в т.ч. для того, чтобы автор вопроса мог что-то уточнить по ответу, а не наоборот.

2) Что это даст? Это неправильная позиция: отвечать, рассчитывая на то, что потом продолжишь в комментариях. Ответ должен находиться в поле "ответ", а не в комментариях. Повышать значимость комментариев – ломать формат общения (см. выше).

3) Неконкретно. Этот вариант достоин отдельного разговора. Над ним надо хорошенько потрудиться, чтобы.. да-да: чтобы не ломать формат. И вполне возможно, что удовлетворительного решения так и не найдется.

А мне кажется, что вариант №3 и реализовать легко, так чтобы не ломать формат, и это будет очень полезно (самому много раз приходилось писать ответ типа "если... то, а если... то, но если... то"
Реализовать же идею можно просто - введением под текстом вопроса ссылки "Написать комментарий", аналогичной такой же под каждым ответом. Можно сделать ее неотменяемой, но дать возможность самому "почемучке" удалять оттуда комменты (подозреваю, что некоторые будут использовать эту опцию не по назначению).

очень хорошее предложение.Мне тоже хотелось получить уточнения при ответе на некоторые вопросы

Поддерживаю предоставление возможности уточнять вопросы

Идею поддерживаю.