Мне долго думать не надо, по недавнему опыту руководства НИРами, хотелось бы наказать так, чтобы, с одной стороны, подчиненный понял, что впредь так делать нельзя и в случае повторения подобного, наказание будет строже вплоть до увольнения (если дойдет до крайности); с другой, чтобы не отпугнуть сотрудника совсем и продемонстрировать, что у нас за трудолюбивость и пунктуальность очень даже поощряют.